Na czele Polsko-Niemieckiej Współpracy Młodzieży stoją kolegialnie polski i niemiecki dyrektor zarządzający powoływani przez rządy obu krajów na pięcioletnią kadencję. Kandydatów do Zarządu każdorazowo przesłuchuje Polsko-Niemiecka Rada Młodzieży.
Aktualny Zarząd PNWM
Od 1 kwietnia 2008 roku PNWM kierują Paweł Moras
w Warszawie i Stephan Erb w Poczdamie.
Byli dyrektorzy zarządzający PNWM i ich kadencje
Dyrektorzy w Polsce
- Piotr Womela: 01.04.2003 - 30.09.2007
- Piotr Łysakowski: 01.04.1998 - 31.03.2003
- Stanisław Sulowski: 01.06.1996 - 31.03.1998
- Dariusz Węglicki: 01.01.1993 - 31.05.1995
Dyrektorzy w Niemczech
- Doris Lemmermeier: 01.04.1998 - 31.03.2008
- Michael Lingenthal: 01.01.1993 - 31.03.1998