Ein polnischer und ein deutscher Geschäftsführer stehen gemeinsam an der Spitze des DPJW. Sie werden von beiden Regierungen für jeweils fünf Jahre berufen und vor Amtsantritt von den Mitgliedern des Deutsch-Polnischen Jugendrats angehört.

 

Seit dem 1. April 2008 leiten Stephan Erb in Potsdam und Paweł Moras in Warschau das DPJW.