17 czerwca 1991 roku ministrowie spraw zagranicznych Polski i Niemiec podpisali Umowę między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Rządem Republiki Federalnej Niemiec o niemiecko-polskiej współpracy młodzieży. W ten sposób urzeczywistnili ideę pierwszego niekomunistycznego premiera RP Tadeusza Mazowieckiego i ówczesnego kanclerza federalnego Helmuta Kohla.
Po upadku komunizmu w Europie Wschodniej i po zjednoczeniu Niemiec obaj przywódcy chcieli dać nowy początek stosunkom między naszymi krajami. Motorem zbliżenia miała być właśnie PNWM. Po trudnym i bolesnym odcinku wspólnej historii Polski i Niemiec, młodzież obu narodów otrzymała możliwość poznania mieszkańców
i kultury sąsiada, nawiązania przyjaźni i obalenia dzielących ją uprzedzeń. PNWM miała się przy tym wzorować na powstałej
w 1963 roku Francusko-Niemieckiej Współpracy Młodzieży.
Równocześnie z umową powołującą do życia PNWM podpisano Traktat między Rzecząpospolitą Polską
a Republiką Federalną Niemiec o dobrym sąsiedztwie
i przyjaznej współpracy stanowiący kamień milowy
w powojennych stosunkach polsko-niemieckich.
PNWM ma oficjalnie status organizacji międzynarodowej,
a zatem znajduje się w gronie takich organizacji jak Unia Europejska czy ONZ. W Polsce PNWM jest jedyną instytucją polsko-niemiecką posiadającą status międzynarodowy.
Pieniądze na działalność PNWM pochodzą od Rzeczypospolitej Polskiej oraz Republiki Federalnej Niemiec. W roku 2011 oba kraje łącznie zasilą nasz budżet kwotą
8,9 miliona euro.