Wkład polsko-niemieckiej wymiany młodzieży w dobrosąsiedzką współpracę i integrację europejską spotyka się z uzaniem ze strony prezydentów Polski i Niemiec. Latem 2010 roku PNWM została objęta prezydenckim patronatem.
Podczas pierwszego oficjalnego spotkania w Warszawie w lipcu 2010 roku prezydent Bronisław Komorowski i były prezydent Niemiec, Christian Wulff, postanowili objąć patronatem działania Organizacji, a tym samym spotkania młodej generacji z obu krajów. W ten sposób podkreślili wagę codziennej pracy PNWM i wszystkich zaangażowanych na rzecz porozumienia polsko-niemieckiego.
Obecny prezydent Niemiec, Joachim Gauck, w ramach swojej pierwszej wizyty zagranicznej W Polsce w marcu 2012 roku, podjął decyzję o kontynuacji patronatu. Podkreślił, iż polsko-niemieckie kontakty są dla niego - także osobiście - niezwykle ważne, a podróż do Polski była "wyborem jego serca".
